歲月荏苒,悠乎及至清咸豐六年〈西元一八五六〉年,是年發生天災地變,洪水,山崩並起,沖毀民宅無數,本廟亦遭波及,廟構悉數傾塌,幸賴游游氏後裔「娘群」冒險救出媽祖本像及印信,輾轉流離至金瓜石、貢寮、瑞方等地施醫濟民,聖蹟昭著,遠近馳名。
日月如梭,寒暑迭替,迨至清光緒五年〈西元一八七九〉年,迎奉金尊至新竹廳桃澗堡中路庄程式祖厝,〈該厝原位於桃園市三民路橋東側空地〉安座。自神尊鎮駐斯邑以還;開基媽威靈赫濯,百禱百應,聖名遠播,遐爾同仰,信眾通及桃澗堡埔仔庄,中路庄,八塊庄,小大南等地,光 緒二十三年〈西元一八九七〉年地方士紳姚國興、林國濱等發起集金醵資於桃園街中路段一七九六番地興建寺廟,隆祀神尊,宮名依襲舊名「慈護宮」。
歲月遞嬗,星月流轉,已至民國四十六年,境緣人丁遽增,百業崢嶸,信民欽神光之長照寰宇,皆感懷聖德,重修廟脊,裝飾花鳥,龍鳳與剪花,廟容為之煥然一新。五十八年為桃園市擴大都市計劃變更本宮配合政府實施都市計劃將廟宇三分之一廟埕用地悉數開闢為道路及路橋使用〈今之三民路橋〉。直至五十九年由熱心人士勸募資金遷建於現址至民國六十四年宮殿式前後殿及東西廂廟宇落成同年農曆九月十一日恭請聖母入廟安座,廟貌莊嚴富麗,萬民景仰。
民國七十三年農曆三月懸案以久之廟埕土地終於獲得解決,乃拓寬整修至目前景觀,而本宮外貌閎偉富麗,巍峨堂皇,故能長召慈恩,庇佑境緣百姓人人安居樂業,福樂綿延。